Il y a 15 ans, le monde découvrit des êtres magiques et mythiques venus d'une autre dimension. Les humains apprirent à invoquer ces êtres et à utiliser leurs pouvoirs. Ainsi, 7 pays formèrent des contrats avec ces créatures, ces "dieux", et gagnèrent leur allégeance. Le contrat consiste à ce qu'un Invocateur, lors de son 14ème anniversaire, soit choisi par un "Dieu" et reçoit un stigmate. C'est pourquoi des écoles furent mises en place pour les former eux, ainsi que des Épéistes Magiques pour les contrecarrer au cas où.

15 ans plus tard, Kazuki Hayashizaki, un jeune garçon, est choisi pour devenir un Invocateur et reçoit un stigmate. Cela est surprenant puisque ce sont normalement les filles qui sont choisies, les garçons possédant une quantité de Mana trop faible. C'est donc la raison pour laquelle notre jeune héros va susciter l'attention de pas mal de monde... De plus, il se trouve que sa sœur Kanae, étant une Épéiste Magique, est en concurrence avec lui, puisque le camp des Épéistes Magiques et des Invocateurs sont en conflit.

Pour compliquer les choses, sa sœur Kanae (qui est une Épéiste Magique) s'oppose à ce qu'il intègre une école d'invocateurs. En effet, les Invocateurs et Épéistes Magiques sont comme chiens et chats, car les Invocateurs considèrent les Épéistes Magiques comme inférieurs. C'est donc en toute logique que sa sœur s'oppose à ce qu'il intègre cette école. Elle l'arrêtera, même si cela revient à une déclaration de guerre.

Toutefois, Kazuki est déterminé à intégrer une école d'Invocateurs et à y prospérer, et il est prêt à tout donner pour y parvenir. Même s’il est le plus mal classé des étudiants (rang E), et que ses camarades étudiants ont l'intention de le rabaisser, il veut devenir le plus puissant des invocateurs.

Magika No Kenshi To Shoukan Maou nous plonge dans un univers de mythes et de légendes.